Directora del NCIS/MTAC Jennifer "Jenny" Shepard (Lauren Holly)

A la actual directora del NCIS, Jennifer Shepard, se le asignó el cargo cuando dimitió el anterior director. Shepard fue instruida para ser agente de campo por Gibbs mucho antes de entrar en el NCIS, e incluso mantuvieron una relación y viajaron a París donde tuvieron noches de sexo que Gibbs recuerda de vez en cuando, no obstante ahora ella es su jefa y Gibbs tiene que obedecerla, pero siguen teniendo conversaciones o frases sobre aquellas noches en París. Shepard es de carácter difícil, y se codea con políticos y personajes de altas esferas a los que hace referencia en algunos capítulos, como en uno de la 3ª temporada, en el que afirma conocer a Condoleezza Rice llamándola Condi. En la quinta temporada es asesinada en el episodio Judgment day I